序列分析
序列分析 - 生物信息技术课程大纲
课程名称：生物信息技术 - 序列分析
课程目标：
- 理解生物序列的基本概念和类型
- 掌握序列分析工具和技术
- 学习如何解读和应用生物序列数据
- 培养批判性思维和问题解决能力
课程结构（15周）：
第1周：生物序列基础
- 主题：DNA/RNA的结构与功能
- 学习目标：了解基本的核苷酸组成和遗传密码
- 阅读资源：《分子生物学》(Sanger等)
- 教学方法：讲座、小组讨论
第2-3周：序列获取与质量控制
- 主题：公共数据库和基本序列分析软件
- 学习目标：使用BLAST等工具搜索和评估序列
- 资源：NCBI网站，Trinity或SOAPdenovo教程
- 活动：实践使用工具进行序列搜索
第4-5周：基本序列分析
- 主题：比对、进化树构建
- 目标：掌握ClustalW或MAFFT
- 资源：MUSCLE/PhyML教程
- 活动：小组项目 - 构建简单进化树
第6-7周：转录组学与RNA-seq
- 主题：转录本组装与差异表达分析
- 目标：理解星号编码和DESeq2
- 资源：Tophat, Cufflinks教程
- 活动：分析真实RNA-seq数据
第8-9周：蛋白质序列分析
- 主题：蛋白质结构预测和功能注释
- 目标：了解BLASTp和InterProScan
- 资源：Swiss-Prot/UniProt教程
- 活动：设计蛋白质功能预测实验
第10-11周：生物信息学工具与编程
- 主题：Python/R语言基础与Bioconductor
- 目标：使用Python或R进行序列分析
- 资源：Bioconductor教程，Python/R基础知识
- 活动：编写简单的生物信息学脚本
第12-13周：高级序列分析方法
- 主题：深度学习在序列分析中的应用
- 目标：了解深度学习模型如CRISPR-Cas9
- 资源：Keras/TensorFlow教程
- 活动：探索深度学习在特定任务上的应用
第14周：项目设计与报告
- 主题：设计并实施一个完整的序列分析项目
- 目标：独立完成项目并撰写报告
- 资源：项目指导，报告模板
- 评估：项目报告和小组展示
第15周：总结与未来展望
- 主题：回顾所学，讨论生物信息技术的前沿趋势
- 目标：自我评估和职业规划
- 活动：课程回顾与讨论
评估方法： - 作业：每周小测验和课后练习 - 项目：分阶段提交项目，最终项目报告 - 讨论：参与课堂讨论和同伴评估 - 考试：期末综合测试
注意事项：课程内容将根据学生反馈和最新研究动态进行调整。